Secara umum, genesa bentonit ada empat macam, yaitu hasil pelapukan, hidrotermal, akibat transformasi, dan sedimentasi.
- Endapan Hasil Pelapukan
Faktor utama dalam pembentukan endapan bentonit hasil pelapukan adalah kondisi komposisi mineral batuan, komposisi kimia, dan daya lalu air pada batuan asalnya. Yang terakhir ini dapat dikemukakan sebagai: iklim, macam relief, dan tumbuh-tumbuhan yang berada di atas batuan.
Mineral penting dalam pembentukan lempung adalah plagioklas, kalium-feldspar, biotit, muskovit, serta sedikit kandungan senyawa alumina. Plagioklas selain sangat reaktif dan jumlahnya banyak, juga merupakan sumber utama dari kation dan silika dalam air tanah.
- Endapan Hasil Hidrotermal
Larutan hidrotermal merupakan larutan yang bersifat asam dengan kandungan klorida, belerang, karbon dioksida dan silika. Komposisi larutan kemudian berubah karena adanya reaksi dengan batuan gamping. Larutan alkali selanjutnya terbawa ke luar dan bersifat basa serta akan tetap bertahan selama unsur alkali dan alkali tanah tetap terbentuk akibat penguraian batuan asal. Jadi, selama proses hidrotermal berlangsung, akan terjadi daerah yang berubah dari asam ke basa.
Pada alterasi hidrotermal yang relatif lemah, mineral-mineral asal menentukan hasil alterasi tersebut. Pada alterasi yang sangat lemah, kehadiran unsur alkali dan alkali tanah akan membentuk monmorillonit kecuali kalium, mika, dan feldspar. Akan tetapi, terjadinya monmorillonit terutama karena adanya unsur magnesium.
- Endapan Transformasi
Endapan bentonit hasil transformasi debu gunung api terjadi dengan sempurna apabila debu diendapkan di dalam cekungan seperti danau atau laut. Mineral gelas gunung api lambat laun akan mengalami transformasi. Monmorillonit dijumpai pada endapan resen.
- Endapan Sedimen
Monmorillonit juga dapat terbentuk sebagai endapan sedimen dalam keadaan basa. Mineral-mineral yang terbentuk secara sedimen dan tidak berasosiasi dengan tufa adalah atapulgit, speolit dan monmorillonit, serta terbentuk dalam cekungan dan bersifat basa, dan karbonat, silika, pipih, fosfat laut dan sebagainya juga ikut terbentuk. Lingkungan ini banyak sekali mengandung larutan silika yang dapat terendapkan.
